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habitante
sustantivo masculino
morador, residente, poblador, domiciliado*.
Morador es voz escogida cuyo uso se circunscribe por lo general a la lengua escrita. El residente puede significar el que vive en un lugar sin ser natural de él, o el que lo habita transitoriamente; por ejemplo: los españoles residentes en Colombia, los residentes en un internado universitario. Vecino alude a la conducta legal o administrativa del que está domiciliado o avecindado en una población.

p.s. sorry not to quote the actual site, if you need it I will find it.

While I was preparing my answer, Muriel posted hers, which I think is essentially correct. However, in case it is useful, here is the explanation I was going to give. My suggested translation for "vecinos" would have been householders or established residents, by the way.

In early modern Spain, "vecino" meant a householder who was attached to a given municipality and paid taxes there. Here are the earliest relevant dictionary definitions, from the first Royal Academy dictionary, the Diccionario de autoridades (1739):

"Vecino. Se llama [...] el que tiene casa, y hogar en un Pueblo, y contribuye en él en las cargas, ù repartimientos, aunque actualmente no viva en él.
Vecino. Significa asimismo el que ha ganado domicilio en un Pueblo, por haber habitado en él tiempo determinado por la ley"

"Morador", on the other hand, means, simply, a resident. From Autoridades again (this volume is 1734):
"Morador. s.m. El habitador, o el que està de assiento en algun parage."

In general, "morador" indicates where someone is living, even though he may be a "vecino" of another place; this is consistent with the first definition of "vecino" quoted above, which says "aunque actualmente no viva en él [the place of which he is a "vecino"]". Thus it is quite normal to find expressions like the following in documents of the period:

"Querella de Pedro Melgarejo de las Roelas, vecino de Sevilla y morador del lugar de Pilas" [1534]
http://www.slideshare.net/ArchivoMunicipaldePilas/transcripc...
"Villalain, Leonardo de; vecino de Burgos, morador en Villatoro" [1768]
http://books.google.es/books?id=56ZLpF8KSpQC&pg=PA5&lpg=PA5&...

So "vecinos" who were actually resident in the place where they were "vecinos" (which is normally the case) can be referred to "vecinos y moradores":
"Lope González de Villasímpliz, vecino y morador de la ciudad de León"
http://www.saber.es/web/biblioteca/libros/coleccion-document...

Different again is "estante en", which indicates where someone happens to be when a document is drawn up. Here is a striking example:
"Declara ser vecino de Trasmiera, morador en Zamora y estante en Salamanca"
http://books.google.es/books?id=rhlMUy2iTeUC&pg=PA140&lpg=PA...

So in principle, "vecino" and "morador" are not antithetical terms. Here, however, they are clearly being distinguished. So "morador" must mean people living there who are not "vecinos".

A few further points:
1. In the nature of early modern society, many people were "vecinos" of their birthplace, but this is by no means necessarily so. The term for "native of" in documents of the period is "natural de", and it is not uncommon to find, for example, "Fulano, natural de Sevilla, vecino de Madrid". "Vecino" carries no implication of having been born in the place.
2. In order to understand the figures it is vital to understand that vecinos + moradores does not account for the whole population; dependants are not included. That is the reason for the coefficient mentioned in various places (usually 4-5): for each "vecino", there are likely to be that many other members of the household, though there will be some "vecinos" without dependants. This can be illustrated by data from the 1842 census, which I have to hand: Toledo, for example, had 3,528 "vecinos" and 13,580 "almas".
3. A "vecino" is attached to a municipality, not a parish (although it is not uncommon for documents to record in which parish a person resides). In seventeenth-century England, on the other hand, population records tend to be parish-linked, and documents often refer to numbers of "communicants".
4. The reference cited by FVS and mentioned by Muriel, though certainly interesting, relates to Alba de Tormes in the thirteenth century, and cannot be taken to apply in detail to Navarre in the seventeenth century.

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Note added at 21 hrs (2011-03-08 14:23:13 GMT)
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In response to Liz's point, I find that Navarre did have its own peculiarities:

"Expone YANGUAS Y MIRANDA como se adquiría la vecindad en “villa infanzonada et franca” por cualquier cristiano que iba a pie con su lanza o sus armas o su mueble y alquilaba casa, encendiendo fuego en ella un año y un día. Durante tal tiempo estaba exento de contribuciones y de apellido o de ir a la guerra, porque “en cara non sabe las costumpres de la villa nin las entradas de los muros”. Transcurrido el año estaba obligado a contribuciones y apellido, debía solicitar por tres veces la vecindad al concejo y si se la daba adquiría la condición de vecino. Se adquiría también por matrimonio con hija de vecino. La reglas generales para adquirir la vecindad exigían una casa cubierta con tres vigas, de a diez codos sin el grueso de las paredes, o un casal viejo formado por paredes sin cubierto, tierra para sembrar seis robos de trigo, una arinzada de viña si hubiera en el pueblo, un huerto capaz de criar trece plantas de col sin que se tocasen sus raíces y una era de trillar (F.G. Lib. I, Tít. XX, Cap. I). Señala el mismo autor la existencia en el Fuero General de tres confusas clases de vecindades.
El Fuero General limitaba su adquisición por la compra de heredades en prenda hasta pasado el tiempo del empeño (III, XII, IV), regulaba la pérdida de la vecindad por desacuerdo con los demás vecinos sobre sus ordenanzas o determinaciones (V, XII, II), la entrega de fuego en la palma de la mano (III, XIX, VII) y la ofrenda en Pascuas como reconocimiento de la condición de vecino (III, II, V)."
Juan Cruz Alli Aranguren, "Las 'vecindades foranas' en el derecho navarro", p. 70
http://www.navarra.es/appsext/DescargarFichero/default.aspx?...