En el lenguaje de la biología molecular, 'upstream' significa «en el extremo 5'» (de una secuencia de ácido nucleico) o «en dirección 5'», y 'downstream', «en el extremo 3'» o «en dirección 3'».

Véase por ejemplo:

http://www.tremedica.org/panacea/PanaceaPDFs/Panacea5_Septie...

En este caso, 'upstream' y 'downstream' se refieren a la posición de cada región de superposición con respecto a la respectiva copia de bacteriófago:

Genoma bacteriano:
5' xxxxxxxIxxxxxxxxxxxxxxxIxxxxxxxx 3'
.............attB1....................attB2...................
(x: cualquier nucleótido de la secuencia genómica bacteriana; I: sitio attB1 o attB2)

Genoba bacteriano + dos copias de corinefago:
5' xxxxxxxOOOOOOxxxxxxxxxxxxxxxOOOOOOxxxxxxxx 3'
..........attL1............attR1.............attL2............attR2..........
(O: cualquier nucleótido de la secuencia genómica fágica)

Como puede verse, attL1 y attL2 se hallan en la posición 5' ('upstream') con respecto a la copia respectiva de bacteriófago --es decir, a la izquierda en el papel, lo que explica la "L" ('left')--, mientras que attR1 y attR2 se hallan en la posición 3' ('downstream') con respecto a la copia respectiva de bacteriófago --es decir, a la derecha en el papel, lo que explica la "R" ('right')--.

Lo que no me queda del todo claro es por qué hablan de 'overlapping areas', cuando en la frase anterior dicen 'bordering areas' (regiones adyacentes, a cada secuencia fágica, claro), lo cual sí se entiende perfectamente.

Por otra parte, yo diría «región de superposición» o incluso «zona de superposición», pero no «área de superposición», puesto que el término 'área' hace referencia tradicionalmente a una superficie.

Por último, creo que en este caso, da lo mismo decir «región/zona de superposición en posición 5'» (o «...en 5'», con respecto a la secuencia fágica correspondiente) que «región/zona de superposición en dirección 5'» (es decir, hacia el extremo 5' del cromosoma bacteriano).

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Note added at 20 horas (2008-04-19 11:28:31 GMT)
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Como bien indicó Teresa, "superposición" o "solapamiento". Los dos sinónimos se usan.

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Note added at 1 día22 horas (2008-04-20 13:47:11 GMT)
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Acabo de darme cuenta de que en los esquemas que hice, las indicaciones sobre los sitios attB1 y attB2, y las regiones attL1, attL2, attR1 y attR2 salieron desplazadas. A ver si esta vez salen bien:

5' xxxxxxxIxxxxxxxxxxxxxxxIxxxxxxxx 3'
..........attB1..............attB2...................

5' xxxxxxxOOOOOOxxxxxxxxxxxxxxxOOOOOOxxxxxxxx 3'
.......attL1.........attR1..........attL2.........attR2..........

Me olvidé de aclarar en mi explicación que las expresiones "upstream" y "downstream" derivan del sentido de avance de la ADN-polimerasa en la replicación (= duplicación del ADN) y de la ARN-polimerasa en la transcripción (síntesis de ARN a partir de un molde de ADN), que es siempre de 5' ("upstream" en el proceso) hacia 3' ("downstream"). En otras palabras, las polimerasas añaden nucleótidos en el grupo 3'-OH de la hebra que están sintetizando, lo que significa que dicha hebra va creciendo en sentido 5' --> 3', como puede verse en el "dibujo animado" sobre la replicación que se encuentra en:

http://www.freesciencelectures.com/video/dna-replication-pro...

Algunas referencias más sobre "upstream" y "downstream" en este contexto.

Dos en inglés:

1) Un glosario de biología molecular de la Universidad de Michigan:

http://seqcore.brcf.med.umich.edu/doc/educ/dnapr/mbglossary/...

2) Un glosario de biología molecular de la Universidad de Londres:

http://www.ucl.ac.uk/~ucbhjow/b241/glossary.html

Dos en castellano:

3) Vocabulario inglés-español de bioquímica y biología molecular, de MV Saladrigas, MG Claros y D González Halphen (tres biólogos moleculares), publicado incialmente por entregas en la revista electrónica Panace@:

http://www.tremedica.org/glosarios/bio_molecular/Glosario/in...
(De manera algo sorprendente, "downstream" y "upstream" no tienen entrada propia en este excelente glosario; véase la entrada "enhancer".)

4) El infaltable "Diccionario crítico de dudas inglés – español de medicina" de Fernando A. Navarro; 2.a edición; Madrid: Mc Graw Hill/Interamericana, 2005, del que copio la entrada correspondeinte:

downstream. Es muy clara la tendencia a traducir, diccionario en mano, el inglés /downstream/ por 'río abajo', 'aguas abajo' o 'corriente abajo' (y su antónimo /upstream/ por 'aguas arriba, 'río arriba' o 'corriente arriba'), lo cual puede estar muy bien cuando el texto trata efectivamente de corrientes fluviales, pero no tiene sentido en las tres acepciones más frecuentes de /downstream/ en los textos médicos.
2 [Gen.] En biología molecular, los genes y las secuencias de ácidos nucleicos se escriben, por convenio, colocando el extremo 5' al comienzo (es decir, arriba si la secuencia se escribe en sentido vertical, o a la izquierda si la secuencia se escribe en sentido horizontal) y el extremo 3' al final (es decir, abajo si la secuencia se escribe en sentido vertical, o a la derecha si la secuencia se escribe en sentido horizontal). En este contexto, pues, la traducción más clara de /downstream/ es 'en dirección 3'' o 'hacia 3'', y la traducción más clara de /upstream/, 'en dirección 5'' o 'hacia 5''. Lo de 'aguas abajo', 'río abajo' y 'corriente abajo' no tiene, de nuevo, ningún sentido; sí sería admisible, sobre todo referido a las secuencias escritas en vertical, el uso metafórico de 'gen abajo' y 'gen arriba', o 'secuencia abajo' y 'secuencia arriba'.

Comparto lo que dice Navarro en esta entrada, aunque la última frase sobre los usos metafóricos en el caso de secuencias escritas en sentido vertical me parece algo tirada de los pelos.

Y por supuesto, para ser rigurosa, en mi respuesta debería haber escrito "regiones/zonas...", puesto que el término de origen está en plural.