Override en sistemas automáticos, más que "anular" significa otra definición de override que es "sobreponerse" o "dominar" poner bajo control de uno algo que normalmente se hace automáticamente. (Definición del Merriam Webster online 3a: to prevail over : dominate).
Aqui habla de un "screening" de un paciente. Argentine translator: vos tenés el contexto completo, y de ahí podrías definir si esto es correcto, pero si no me equivoco, debe haber un sistema que hace el "screening" del paciente de manera automática, y al ingresar este código, uno quiere realizar o terminar el "screening" o examen exhaustivo, de manera manual, totalmente controlado por el que ingrese el código. Es como los modos de "usuario" y "administrador", en computación, donde el administrador puede tener acceso a opciones y modificaciones que no se le permiten a un "usuario" común. La frase para sustituir esto podría ser "código de autorización para mando manual", o alguna frase similar. No conozco de una buena palabra que traduzca, para el caso de computación, esta definición de "override".